L'elenco, come si può notare, ha delle lacune, difficili a colmarsi, data la carenza di documenti, specie nei primi due secoli. In compenso, però, i nomi elencati, appartengono a persone che hanno saputo imprimere, nella storia della Provincia religiosa dei Cappuccini di Foggia, una carica determinante a livello spirituale e dottrinale.
Fin dai primi anni è NOVIZIATO. Fu novizio il pio F. Pietro da Venafro (1560).

1585 - Si ignora il nome del Superiore Studentato. Insegna il chierico F. Matteo d'Agnone.
1590 - Si ignora il nome del Superiore Noviziato
1592 - P. Francesco da Vico del G. Noviziato
1596 - P. Francesco da Vico del G. Noviziato
1599 - P. Gregorio da Manfredonia Noviziato
1602 - P. Matteo da Agnone Studentato
1608 - P. Girolamo da Napoli Studentato
1613 - P. Bonifacio da S. Germano  
1616 - P. Bernardino da Castelluccio  
1618 - P. Girolamo da Napoli Noviziato
1620 - P. Crisostomo da Guglionesi Noviziato
1625 - P. Pietro da Lucera  
1633 - P. Girolamo da Napoli Studentato
1634 - P. Gabriele da Cerignola  
1650 - Si ignora il nome del Superiore Noviziato
1671 - P. Bonaventura da Serracapriola  
1674 - P. Bonaventura da Serracapriola  
1678 - P. Antonino da Pietracatella  
1751 - P. Giambattista da Serracapriola (Salvatore D'Anchise)
1789 - P. Stanislao da Serracapriola Studentato (Felice Samuele)
(Dal 1810 al 1817 il convento è chiuso per la legge di soppressione degli Ordini Religiosi, emanata da Gioacchino Murat il 7 agosto 1809)
1826 - P. Eliseo da Serracapriola (Fortunato Gallo)
1831 - P. Fortunato da Serracapriola  
1832 - P. Giuseppe da S. Giovanni R.  
1836 - P. Ludovico da Serracapriola Studentato
1841 - P. Giacinto da Foggia Noviziato
1843 - P. Domenicantonio da Foggia Studentato
(dal 1847 al 1852 risiede, semplice frate il Servo di Dio p. Raffaele da S. Elia a P.)
1852 - P. Francescantonio da Foggia  
1855 - P. Francesco Maria da Montaguto  
1859 - P. Giangiuseppe da Foggia  
1867 - Il convento è chiuso per la legge della soppressione degli Ordini Religiosi del 7-7-1866.
Verrà riaperto nel 1886.
1886 - P. Francesco Saverio da Orsara Si secolarizzò e morì arciprete del suo paese
1888 - P. Clemente da Morcone  
1891 - P. Michele Maria da S. Giovanni R. Studentato
1893 - P. Francesco Maria da Savignano Studentato
(Piantò la vigna, costruì l'ala del convento che comprende la cantina, la terrazza coperta e la biblioteca. Scavò la cisterna, sita al lato est, presso il vecchio pollaio).
1895 - P. Serafino da Fragneto L'Abate Presidente - Studentato
1903 - P. Serafino da Fragneto L' Abate Presidente - Si dimise subito
1903 - P. Giustino da S. Giovanni R. (Si dimise il 5-6-1904) Studentato
1904 - P. Luigi da Serracapriola (Si dimise nel febbraio 1905) - Studentato
1905 - P. Francesco da S. Giovanni R. Studentato
1906 - P. Francesco da S. Elia a P. (Rinunziò per malattia)
1906 - P. Gioacchino da Roccabascerana Studentato
Fu pitturata la Chiesa
1907 - P. Francesco M. da Savignano Studentato di Teologia. Vi è, come studente, P. PIO da PIETRELCINA
1909 - P. Giuseppantonio da S. Marco in L.  
1912 - P. Raffaele da S. Giovanni R.  
1914 - P. Francesco da S. Giovanni R.  
1919 - P. Filippo da S. Giovanni R.  
1926 - P. Francesco da S. Giovanni R. Collegio Serafico
Fu pavimentata la Chiesa. e comprate le statue di S. Francesco e S. Antonio. Impianto elettrico.
1928 - P. Evangelista da S. Marco in Lamis  
Pavimentazione dei corridoi
1931 - P. Leonardo da Ascoli Satriano  
1935 - P. Leonardo da Ascoli Satriano  
Impianto idrico
1936 - P. Placido da S. Marco in Lamis 
La scalinata in legno che portava in sagrestia è sostituita con una gradinata di pietra
1938 - P. Rogerio da S. Elia a P.  
1941 - P. Ilario da Teano  
Decorazione della Chiesa. Sostituzione dell' Altare Maggiore in legno con l'attuale in marmo.
1947 - P. Evangelista da S. Marco in Lamis  
1950 - P. Cassiano da S. Giovanni R.  
Rifacimento di 107 metri del muro di cinta
1953 - P. Eduardo da S. Elia a P. Si dimise per ragioni di salute
1955 - P. Teofilo da Palata  
1959 - P. Giulio da S. Giovanni R.  
1964 - P. Raffaele da S. Elia a P. (dal 16-1-1964 al 23-8-1965) Trasferito Sup. a Larino
1965 - P. Ludovico da S. Giovanni R. (dal 23-8-1965 al 12-3-1968). Si è dimesso
1968 - P. Arcangelo da Vico del G. Si è dimesso
1968 - P. Giulio da S. Giovanni R. 
(15-5-1968 - inaugurazione del monumento a S. Francesco)
1970 - P. Eugenio da Montefusco  
La Chiesa è dichiarata SANTUARIO. Incoronazione della Madonna delle Grazie(2-7-71).Creazione della Parrocchia (lO- 12-72) Padre Eugenio è nominato 1° parroco.
1973 - P. Cipriano da Serracapriola Superiore e Parroco
1976 - P. Cipriano da Serracapriola Superiore e Parroco
Ricognizione canonica del Servo di Dio, P. Matteo da Agnone.
E' stato eretto il monumento a P. PIO, sullo spiazzale del Convento ed inaugurato il 3-8-80.
1979 - P. Ludovico da S. Giovanni R.  
1982 - P. Benedetto Marcucci  
1983 - P. Cipriano De Meo  
1991 - P. Luigi Ciannilli Superiore e Parroco

Durante il settennale del P Luigi Ciannilli, in chiesa furono eseguite le seguenti opere: - L'altare monumentale del Limatola fu smontato e rimontato alla parete terminale della chiesa sotto la tela della Madonna delle Grazie; - Pavimentato con granito il presbiterio; - Rinnovato il tamburo con disegno di P. Claudio; - 25 banchi nuovi in castagno hanno sostituito i vecchi in trucciolato;- La nuova mensa eucaristica con disegno di P. Claudio; - L' ambone e il confessionale; - In sacrestia ha avuto luogo il nuovo armadio per la suppellettile; - Rinnovato l'impianto dei microfoni e delle trombe esterne; - Sul tetto della casa è stato impiantato il campanile elettronico; - Rinnovato l' impianto d'illuminazione di tutta la chiesa. Anche in convento ci sono state realizzazioni; ma queste si sono dovute adattare alla trasformazione radicale del convento, perché diventi una casa degna dell'accoglienza.

1998 - P. Antonio Belpiede Superiore e Assistente Regionale OFS

Il 1° settembre 1999 il convento cessa la sua attività parrocchiale e viene trasformato in Casa di Accoglienza.

 I Frati della Provincia di P. Pio hanno iniziato un poderoso restauro del convento:
 sono già state restituite all'antica bellezza e visitabili le tre cellette dei Servi di Dio Matteo d'Agnone e Raffaele da Sant'Elia e quella del Beato P. Pio. Restano in attesa di restauro la preziosa cantina dove P. Pio ha lavorato, la cappella in giardino e la chiesa.
 Ma il restauro non si ferma al recupero delle memorie storiche. E' desiderio dei Superiori della Provincia di P. Pio offrire questo convento come luogo di spiritualità per i laici. Lo scorso settembre l'Assistenza spirituale dei Frati Cappuccini ai laici francescani del'Ofs e della Gifra si è insediata in questo convento. Da qui, all'ombra di Padre Pio s'irradierà il nostro annuncio di pace e bene all'insegna della fratemità francescana. Intendiamo recuperare le antiche stanze dei frati per offrirle come foresteria a famiglie, giovani, chiunque voglia ascoltare la voce dello Spirito, come già nel passato Padre Pio e altri santi frati.
 Il progetto parte coi finanziamenti della Provincia religiosa... ma andrà avanti con la Provvidenza, come sempre.
 Otto milioni di persone sfilano ogni anno verso San Giovanni Rotondo, gran parte di essi sulla A I4 Adriatica e sulla SS 16, a due passi da qui. Ci pare una pia idea deviare verso Serracapriola. Come il Signore disse: "Venite e vedrete!".